A primeira notícia conhecida data de 1318 e menciona a existência de uma capela de Stª Maria, próxima do castelo e que, nesta data, estaria em ruinas. Poderá corresponder a uma antiga mesquita muçulmana, danificada durante o processo de reconquista e que terá sido convertida ao culto cristão mas nunca recuperada.

Em 1455, já mencionada como Igreja de Stª Maria, é também referida a sua utilização como prisão.

Vem posteriormente referida nas diversas Visitações da Ordem de Santiago desde 1510 até finais do séc. XVIII, onde se descreve pormenorizadamente o edifício, o estado em que se encontra e as obras que devem ser feitas. Alguns exemplos: em 1510 a Ordem de Santiago incumbe o seu Comendador de proceder à ampliação do edifício; em 1520 é mencionada a existência de uma porta nova e ordena-se que sejam feitas obras de remodelação do edifício; em 1532 é mandado fazer um alpendre na entrada da igreja para evitar que o gado entre no edifício; em 1554 é referida a existência de um tríptico no altar com a imagem de Nossa Senhora ao centro e as imagens de São Sebastião e de São Tiago nas laterais.

Diversas imagens de santos estavam pintadas nas suas paredes: S. Pedro, S. Antão, S. Bartolomeu, S. António, S. Mamede, Stª Catarina e a Assunção de Nª Srª.

Possuía também duas capelas, a do Santo Sacramento e a de Nossa Senhora que funcionava como Capela-mor e incorporava a Sacristia.